يتمّ تقليم شجرة الليمون خلال الفترة الممتدة من بداية شهر شباط وحتى نهاية شهر نيسان، أيّ في نهاية فصل الشتاء وأوائل فصل الربيع، إذ تكون شجرة الليمون قد وصلت طاقتها التخزينية القصوى من المواد الكاربوهيدراتيّة، كما يتمّ تقليم شجرة الليمون عند إزهارها، ويُمكنك تقليم الشجرة خلال فصل الصيف فيما يُعرف بالتقليم الأخضر، فهو يُساعد على تسريع النموّ، ولكن تجنّب تقليمها في نهاية فصل الصيف.
كما يتمّ تقليم شجرة الليمون الصغيرة بعد مرور شهر على زراعتها، أو بعد ظهور أوّل 4-6 ورقات، بإزالة الأغصان فوق ورقتيّ القمة لتبدأ الأغصان الجديدة بالنموّ، أمّا في شجرة الليمون الكبيرة، فيكون التقليم للأغصان الميتة والرفيعة، والأغصان التي تنمو بالقرب من الجذور.